BOOKEEP היא גם מערכת לניהול לקוחות שיכולה לעזור לכם לנהל מספר גדול של לקוחות ולשמור על הסדר מבלי לפספס אפילו פרט אחד. ניתן להזין כמות רבה של לקוחות ולקבל תוך רגע מידע רב בכל מה שקשור להתנהלות מולם. באפשרותכם לקבל התראות ותזכורות על תשלומים של הלקוח, וכמובן להפיק דוחות ולבצע מעקב אחרי המסמכים שלו. המערכת משפרת פלאים את האינטראקציה עם הלקוחות.